高压灭菌器是用比常压高的压力，把水的沸点升至100℃以上的高温，而进行液体或器具灭菌的一种高压容器。因此用于消毒灭菌。
由于蒸汽温度高，不会损坏灭菌物品。它具有很强的穿透力和杀灭孢子的能力，蒸汽灭菌不同于沸腾灭菌。蒸汽杀菌就是把水烧开，煮沸后会冒出蒸汽，而且蒸汽的温度很高。这样，用蒸汽消毒物品的时间比煮沸消毒的时间短得多。常用的方法是巴氏杀菌法，可保持在65℃，另外，蒸汽灭菌完全是通过加热水来实现的。比如种植蘑菇时，培养基是经过消毒的，但消毒时间很长，一般在6小时以上；高压灭菌器不同于其他方法，这里的关键是要达到一定的压力和温度。
高压灭菌器有很多优点，可以快速杀菌，因为高压灭菌器的温度升降都很快，可以达到高温高压， 缩短了灭菌时间；灭菌效果好，在高温高压下几乎可以杀灭所有的细菌；而且比传统的蒸汽消毒更容易穿透，而且比传统的消毒方法更容易穿透其他物体，而高温高压灭菌只需半小时。因此， 应用于医药、生物、食品、科研、清洁消毒等单位。
使用高压灭菌器需要注意安全，规范操作非常重要，以免影响灭菌效果和烫伤。常见的问题是加热阶段忘记打开排气阀，水不够，灭菌盖没有拧紧，垫片没有放平，保温灭菌阶段没有观察到各仪表指示，冷却阶段排气门开得太大，高压灭菌器的优点是多方面的，要求操作人员正确使用，正确操作，做好维护保养工作，才能更好地发挥其价值。
